При оплате покупок через интернет-банк «Альфа-Клик» и мобильный банк «Альфа-Мобайл» комиссия с пользователей не взимается. Чтобы заплатить в интернет-банке или мобильном банке, покупателю нужно выбрать на сайте магазина способ платежа — через «Альфа-Клик» или «Альфа-Мобайл», ввести свой логин и нажать «Оплатить». После этого нужно зайти в личный кабинет «Альфа-Клика» и «Альфа-Мобайла» и подтвердить электронный счет на сумму покупки.
По данным банка, сегодня количество клиентов «Альфа-Клика» составляет 3 млн человек. Ежедневно через интернет-банк проводится 3 млн операций.
«Яндекс.Деньги» предложили интернет-магазинам «Кассу» в октябре 2013 г. На сегодняшний день, по данным «Яндекса», к «Яндекс.Кассе» подключены 65 тыс. интернет-магазинов.